Particularités de la base de données Embase et comparaison avec Medline
Le présent document n’est pas un guide d’utilisation d’Embase, il explore plutôt les différences d'indexation, de contenu et de structure entre Embase et Medline. Les exemples de recherche ont été faits à partir de la plateforme OvidSP.
Pour apprendre à utiliser la base de données Embase, consultez le document base de données Embase.
ATTENTION : depuis l'année 2010, les notices d'articles indexés dans Medline sont ajoutées dans Embase par l'éditeur. Si vous désirez exclure ces articles de vos résultats (afin d'éviter un dédoublement avec une recherche que vous auriez déjà faite dans Medline), vous pouvez exclure ces articles en utilisant la limite (option additional Limits) Embase Records.
La recherche sur les médicaments
Il y a plus de périodiques en pharmacie, pharmacologie et toxicologie indexés dans Embase que dans Medline.
À titre d’exemple, voici le nombre d’articles indexés (1999-2008) provenant de périodiques ayant la chaîne de caractères pharmac, drug ou toxico dans leur nom (ex. Journal of Cardiovascular Pharmacology , Drugs in Dermatology, Toxicological Reviews).
Comparaison du nombre de périodiques en pharmacie/pharmacologie et en toxicologie (1999-2008) |
||
| Chaîne de caractères présente dans le titre du périodique | Nombre d'articles dans Embase | Nombre d'articles dans Medline |
| pharmac | 198 956 | 143 347 |
| drug | 60 659 | 39 163 |
| toxico | 52 718 | 46 074 |
Elsevier, l'éditeur de Embase, a aussi produit le document « What are the differences between EMTREE and MeSH » où l’on trouve un tableau comparant le nombre de références dans Embase et Medline pour certains médicaments.
La plus grande couverture du domaine de la recherche sur les médicaments ne tient pas uniquement au choix des périodiques mais aussi à la politique d’indexation exhaustive d’Embase quant aux articles traitant des médicaments.
Les descripteurs de médicaments dans Embase sont à eux seuls plus nombreux que l’ensemble des descripteurs MeSH dans Medline. Le thésaurus d'Embase contient plus de 56 000 descripteurs; autour de 27 000 de ceux-ci sont des descripteurs de médicaments alors que le total de descripteurs MeSH dans Medline est de 25 608. L’indexation dans Embase est faite en fonction de toujours maximiser l’accès aux informations relatives aux médicaments.
Ainsi, si on compare l’indexation de l’article suivant :
Stein GE. Safety of newer parenteral antibiotics . [Journal : Review] Clinical Infectious Diseases. Vol. 41(5 SUPPL.)(pp S293-S302), 2005.
On trouve seulement deux descripteurs dans Medline :
*Anti-Bacterial Agents/ad [Administration & Dosage]
*Anti-Bacterial Agents/ae [Adverse Effects]
Anti-Bacterial Agents/pd [Pharmacology]
Drug Interactions
Dans Embase il y a 99 descripteurs : un descripteur pour chaque médicament ainsi que pour chaque effet secondaire mentionné dans l’article. Cependant seul le descripteur « Antibiotic Agent » est un descripteur majeur (avec focus : *Antibiotic Agent), tous les autres sont des descripteurs secondaires.
À noter : Il existe dans Medline la possibilité de chercher dans le champ Name of Substance Word (NM) le nom de substances chimiques qui ne sont pas des MeSH.
Les articles en langues autres que l’anglais
Nombre de notices disponibles (1999-2008) |
|||
| Base de données | Total de notices disponibles dans la base | Total en français | Total en anglais |
| Embase | 5 825 186 | 117 574 | 5 233 970 |
| Medline | 6 233 620 | 97 093 | 5 611 795 |
Les articles en français
Pour les années 1999 à 2008, on trouve 20 481 références en français de plus dans Embase que dans Medline.
Si on considère la proportion d’articles en français par rapport à l’ensemble des notices dans chacune de ces deux bases de données, on trouve 2,02 % de références en français dans Embase pour 1,56 % dans Medline.
Vous pouvez consulter, sur le site d' Embase, la liste des titres couramment indexés (tri possible par langue de publication) ainsi que les titres couramment indexés dans Embase qui ne sont pas présents dans Medline.
Pour Medline, vous pouvez consulter le catalogue de la NLM ( Journals referenced in the NCBI Databases) et utiliser les limites Languages et Currently indexed for Medline.
Les autres langues
Le pourcentage d’articles en anglais est à peu près le même dans les deux bases de données (Embase = 89,85%, Medline= 90,02 %). Donc autour de 10 % des articles sont écrits dans une langue autre que l’anglais.
Vous pouvez consulter, sur le site d' Embase, la liste par langue, des titres couramment indexés ainsi qu'une liste des titres couramment indexés dans Embase qui ne sont pas présents dans Medline.
Pour Medline, vous pouvez consulter le catalogue de la NLM ( Journals referenced in the NCBI Databases) et utiliser les limites Languages et Currently indexed for Medline.
Comment identifier une référence qui n’est pas en anglais?
Dans Medline les références dans une langue autre que l’anglais sont identifiées clairement dans l’affichage :
Nathoe HM. Doevendans PA. [The polypill: optimal strategy for reduction of cardiovascular disease].[see comment]. [Dutch] [Journal Article] Nederlands Tijdschrift voor Geneeskunde. 149(31):1740, 2005 Jul 30.
Ce n’est pas le cas pour Embase, il faut consulter l’affichage complet de la notice afin de repérer les titres en langue originale dans le champ Original Title. Il est donc toujours préférable de limiter son résultat de recherche en utilisant les limites de langues afin de restreindre le résultat aux langues de publication qui nous intéressent.
L'indexation des publications européennes
Embase indexe plus de périodiques publiés en Europe que Medline. Vous trouverez un tableau comparatif par pays dans la présentation suivante:
Primo, E; Vazquez, M; Garcia-Sicilia, J: Comparative study of selection criteria used by MEDLINE and Embase and its application to Spanish biomedical journals, présentée à la 9th European Conference of Medical and Health Libraries. Santander, Spain, 20-25 September 2004.
D’après les résultats présentés dans cet article, Embase contient environ 31 % plus d’articles parus dans des périodiques publiés en Europe.
Vous pouvez consulter, sur le site d' Embase, la liste par pays, des titres couramment indexés ainsi qu'une liste des titres couramment indexés dans Embase qui ne sont pas présents dans Medline.
Pour Medline,vous pouvez consulter le catalogue de la NLM ( Journals referenced in the NCBI Databases) et le champ de recherche Place of publication [pl] (exemple: france[pl] )
Embase est-il aussi à jour que Medline?
La base de données Embase ne contient pas de références en traitement (in process) telles qu’on peut les trouver dans Medline (dans la tranche MEDLINE In-Process & Other Non-Indexed Citations), donc on trouve des références (non indexées) plus récentes dans Medline. De plus, la tranche MEDLINE Daily Updates est mise à jour quotidiennement, la mise à jour pour Embase est hebdomadaire.
Les descripteurs
Vous trouverez une comparaison des descripteurs d’Embase (EMTREE) et de Medline (MeSH) dans le document suivant « What are the differences between EMTREE and MeSH ».
Voici quelques réponses à des questions spécifiques.
Peut-on chercher dans Embase en utilisant les MeSH?
Tous les MeSH sauf ceux de l’année courante sont inclus dans le thésaurus d’Embase. La plupart s’y trouve cependant comme synonyme. Il est déconseillé de transférer dans Embase une recherche faite dans Medline avec des MeSH, le niveau de spécificité entre les deux thésaurus n’étant pas toujours le même. On peut par contre entrer un MeSH à la ligne de recherche dans Embase afin de trouver le descripteur utilisé dans Embase. Il existe souvent dans Embase des descripteurs plus spécifiques que dans Medline particulièrement pour les descripteurs reliés aux médicaments.
Il existe aussi certains descripteurs plus spécifiques dans Medline, ainsi le MeSH Quebec est entré dans Embase comme « synonyme » (« used for ») du descripteur Canada.
Que sont les termes associés (« associated terms ») dans Embase?
Les termes associés sont des descripteurs auxquels aucun descripteur plus précis n’est relié. Par contre ils sont eux-mêmes toujours associés à un ou plusieurs descripteurs plus généraux. La majorité des descripteurs du thésaurus EMTREE sont des termes associés puisque seulement 13% des descripteurs possèdent des descripteurs plus spécifiques.
Peut-on utiliser les mêmes qualificatifs (« subheadings ») dans Embase et Medline?
Il existe 83 qualificatifs dans Medline et 78 dans Embase. La majorité - 64 Drug links - des qualificatifs d’Embase ne peuvent être utilisés qu’avec des descripteurs qui sont des produits chimiques ou des médicaments. 47 de ces Drug links sont reliés à la voie d’administration des médicaments (routes of drug administration). Voici quelques liens qui peuvent être établis entre les qualificatifs d’Embase et de Medline :
Comparaison des qualificatifs (subheadings) d'Embase et de Medline |
|
| Embase | MEDLINE |
Disease Links (depuis 1988) |
|
Complication |
Complications (+ 1 qualificatif plus spécifique) |
Congenital disorder |
Congenital |
Diagnosis |
Diagnosis (+ 4 qualificatifs plus spécifiques) |
Disease management |
Organization and administration (+ 7 qualificatifs plus spécifiques) |
Drug resistance |
MeSH Drug resistance |
Drug therapy |
Drug therapy |
Epidemiology |
Epidemiology (+ 2 qualificatifs plus spécifiques) |
Etiology |
Etiology (+11 qualificatifs plus spécifiques) |
Prevention |
Prevention and control |
Radiotherapy |
Radiotherapy |
Rehabilitation |
Rehabilitation |
Side effects |
Chemically induced |
Surgery |
Surgery |
Therapy |
Therapy |
Drug links (depuis 1988) |
|
Adverse drug reaction |
Adverse effects |
Clinical trial |
utiliser la limite Clinical trial |
Drug administration |
Administration and dosage |
Drug analysis |
Analysis |
Drug combination |
MeSH Drug combination |
Drug comparaison |
MeSH Comparative study |
Drug concentration |
Analysis (+ 4 qualificatifs plus spécifiques) |
Drug development |
|
Drug dose |
Administration and dosage |
Drug interaction |
MeSH Drug interaction |
Drug therapy |
Drug therapy |
Drug toxicity |
Toxicity |
Endogenous coumpound (1991) |
|
Pharmaceutics |
MeSH Pharmaceutical preparations |
Pharmacoeconomics (1997) |
MeSH Economics, pharmaceutical |
Pharmacokinetics |
Pharmacokinetics |
Pharmacology |
Pharmacology |
On trouve des MeSH équivalents pour environ la moitié des 47 qualificatifs d'Embase pour la voie d'administration des médicaments (Routes of drug administration). Vous trouverez ceux-ci dans l'arborescence du MeSH « Drug administration, routes ».
Il est à noter qu’avant l’année 2000, il faut chercher les 47 termes Embase pour la voie d'administration des médicaments comme descripteurs plutôt que comme qualificatifs (dans Ovid, on les trouve comme descripteurs sous l’option More Limits, il faut donc utiliser cette fonction avant l’année 2000 et utiliser les qualificatifs à partir de l’année 2000).
Certains qualificatifs ont le même code de recherche (ex. ae pour Adverse effects et Adverse drug reaction) dans les deux bases mais la signification n’est pas toujours équivalente. À ce sujet, vous pouvez consulter le document Comparison of subheadings used in MEDLINE and Embase (Ovid Support Center).
Pourquoi ne trouve-t-on pas de définition des descripteurs Embase dans les Scope Notes?
Les descripteurs EMTREE sont basés sur le langage naturel, donc l’usage suit la définition des termes telle qu’on la trouve dans un dictionnaire. Sur son site d’accès à Embase (Embase.com), Elsevier a ajouté dans le thésaurus des liens vers les définitions du Dorland's Illustrated Medical Dictionary.
Pourquoi trouve-t-on des articles indexés avec certains descripteurs avant même leur année d’entrée dans le thésaurus EMTREE?
Embase permet à ses indexeurs de créer de nouveaux descripteurs au besoin. Ces descripteurs ne sont pas immédiatement ajoutés au thésaurus, ils sont ajoutés à un répertoire de « termes candidats ».
Ce répertoire peut contenir jusqu’à 200 000 termes. Lorsqu’un terme candidat est utilisé par un indexeur, il ajoutera toujours aussi le terme plus général du thésaurus EMTREE. Le terme candidat sera, lorsque c'est possible, inscrit dans le Scope Note du terme plus général comme étant un terme « synonyme » (« used for »).
À la fin de chaque année de 500 à 2000 termes candidats deviendront des descripteurs du thésaurus et chacun de ces termes apparaîtra alors comme descripteur accepté pour toutes les notices où il avait été utilisé comme terme candidat (dans la liste des descripteurs utilisés pour une notice, les termes candidats sont présents mais débutent par une lettre minuscule contrairement aux descripteurs qui débutent par une majuscule). Ainsi, il peut y avoir de nombreuses notices indexées avec un descripteur plusieurs années avant sont entrée officielle dans le thésaurus.
Peut-on accéder à l’historique d’indexation d’un sujet dans Embase (« Previous indexing »)?
Il n’y a pas d’information sur l’historique d’indexation d’un sujet dans Embase. S’il s’agit d’un nouveau médicament, vous trouverez de l’information à ce sujet en page 9 du document « Embase indexing explained ».
Bibliographie
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« Embase Unique titles ». Site Embase. Octobre 2009 <http://www.info.embase.com/UserFiles/Files/embase_unique.xls> (page consultée le 17 mars 2010)
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Giustini, Dean. « The intricacies of Embase, Cinahl & Medline ».The Search Principle blog [en ligne]. Vancouver: Dean Giustini. 21 janvier 2010 http://blogs.ubc.ca/dean/2010/01/the-intracacies-of-embase-cinahl-medline/ (page consultée le 17 mars 2010)
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Ovid Support Center. « Comparison of subheadings used in MEDLINE and EMBASE ». [en ligne] http://ovidsupport.custhelp.com/ (chercher le terme « subheadings ») (page consultée le 17 mars 2010)
Primo, E; Vazquez, M; Garcia-Sicilia, J.« Comparative study of selection criteria used by MEDLINE and EMBASE and its application to Spanish biomedical journals ». 9th European Conference of Medical and Health Libraries. Santander, Spain, 20-25 September 2004. http://www.eahil.net/conferences/santander_2004/Abstracts/AbstractDetail7ee0.html?IDAbstract=113 (page consultée de 17 mars 2010)
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Monique Clar
Dernière mise à jour: 24 mars 2011
