Activités de formation offertes aux 2e et 3e cycles, professeurs et chercheurs, et groupes ciblés

Bases de données du NCBI

Cette activité de formation intéressera particulièrement les étudiants en début de 2e ou 3e cycle, ou les nouveaux professeurs et chercheurs, qui ont de l'intérêt pour la bio-informatique.

Comment tirer profit des nombreuses fonctionnalités mises en place par le NCBI pour optimiser une recherche d’information en biologie moléculaire? Cette formation propose un survol de plusieurs bases de données du NCBI en utilisant une approche pratique.  Des trucs sont également offerts pour utiliser l’outil BLAST au-delà des paramètres par défaut.

La formation libre est offerte à la Bibliothèque de la santé.

Formateur : Natalie Clairoux, bibliothécaire.
Durée : 2 h 30.
Les groupes sont formés d'un maximum de 20 étudiants.

Cette formation peut également être offerte, sur demande, à un groupe de recherche; ou encore, elle peut être intégrée à un cours d'initiation à la bio-informatique. Contactez la personne responsable à la Bibliothèque de la santé.

Calendrier et inscription

Objectifs

• Découvrir des ressources du NCBI pertinentes à vos différents besoins d’information.
• Utiliser les fonctionnalités de l’interface commune aux bases du NCBI pour filtrer les résultats.
• Naviguer entre les bases de données pour obtenir un portrait global sur un sujet.

Contenu

• Utiliser les liens Blink et Related sequences au lieu d’avoir recours à BLAST.
• Obtenir de l’information sur les maladies génétiques et leurs gènes grâce à OMIM et OMIA.
• Utiliser GENE comme point de départ d’une recherche.
• Utiliser les séquences de référence (RefSeqs).

Guides et tutoriels

• Présentation et exercices utilisés pendant la formation
• Guide: Bio-informatique pratique
• BLAST: guides et tutoriels
• The NCBI Handbook et vidéos du NCBI sur YouTube
• Open Helix : plusieurs tutoriels gratuits pour diverses bases de donnnées (FlyBase, GBrowse, VISTA...)
• The UCSC Genome Browser: What Every Molecular Biologist Should Know (article tiré de Current Protocols in Molecular Biology)