Biochimie et bio-informatique

Cette page décrit les formations documentaires qui sont données par la Bibliothèque de la santé et par la Bibliothèque de chimie et qui sont intégrées dans les programmes de biochimie et médecine moléculaire et de bio-informatique. On y trouve également les liens vers l'offre générale de formation dans les bibliothèques des sciences de la santé.

Étudiants au 1er cycle

Activités intégrées aux deux programmes (biochimie et bio-informatique)

Tous les étudiants des programmes de baccalauréat en biochimie et médecine moléculaire et de baccalauréat en bio-informatique reçoivent les trois formations suivantes données par la Bibliothèque de la santé dans le cadre du cours obligatoire de première année BCM1521 (Travaux pratiques de biochimie 1). Chaque formation contribue à 1% de la note finale du cours.

Accueil / Initiation au catalogue Atrium

Cette formation consiste en une présentation des ressources de la bibliothèque et en une initiation au catalogue Atrium. Elle vise spécifiquement à développer chez les étudiants la connaissance de la typologie des sources d’information, et plus particulièrement les trois types de sources suivants : monographie, chapitre de monographie et article de périodique. L’initiation au catalogue Atrium se fait au laboratoire informatique de la Bibliothèque de la santé. Durée: 1h15

Évaluation : Le travail, élaboré par la bibliothèque, prend la forme d'un quiz de 6 questions sur StudiUM. Les 3 premières questions portent sur le service informatique, les services offerts par les bibliothèques et le site web. Les questions suivantes couvrent les trois sources d’information abordées dans la formation. Comme la bibliothèque a développé une banque de questions pour chaque catégorie, de multiples versions du quiz sont disponibles.

Formation à la base de données MEDLINE (interface PubMed)

PubMed représente la version de la base de données MEDLINE mise en ligne par la National Library of Medicine et accessible gratuitement sur le Web. La formation vise à faire connaître les particularités de l’outil de recherche et à favoriser une utilisation optimale de PubMed. Les étudiants sont initiés à l’utilisation du vocabulaire contrôlé du MeSH et aux principales fonctionnalités de recherche de la base. L’activité se déroule dans le laboratoire informatique de la Bibliothèque de la santé, en groupe de 35 personnes. Durée: 2h

Évaluation : Suivant la formation, les étudiants doivent compléter un travail pratique conçu par le personnel de référence de la Bibliothèque de la santé et qui est évalué dans le cadre du cours. Le travail consiste en une question. L’étudiant doit proposer une stratégie de recherche qui pourrait répondre à celle-ci, imprimer les 3 premiers résultats de cette recherche et indiquer l'accès à privilégier pour chaque article (texte intégral, version imprimée disponible en biliothèque via Atrium ou fourniture de documents). Par ailleurs, les habiletés développées lors de la formation à PubMed serviront à la réalisation d’un travail évalué dans le cadre du cours BCM2532.

EndNote

EndNote est un logiciel de gestion de références bibliographiques qui permet de créer des bases de données bibliographiques personnelles à partir de références saisies manuellement ou importées depuis différentes sources.

La formation se tient sur les heures du cours. Une présentation d'une heure fait d'abord le survol des possibilités du logiciel, définit les styles de type auteur-date ou numérique et propose des conseils pratiques. Les étudiants suivent ensuite les étapes d'une feuille d'exercices détaillée pour apprendre à créer une base de données, à y ajouter des références, à chercher dans une base de données externe, à créer une bibliographie dans un style particulier ainsi qu'à intégrer des références dans un document Word. Une session pratique d'une heure et demie permet finalement de répondre aux questions des étudiants et d'aborder des fonctions supplémentaires du logiciel.

Évaluation : Quiz en ligne de 10 questions à choix multiples.

Les étudiants de 2e année suivent également la formation suivante lors d'une séance magistrale du cours BCM2532 (Pratique de la communication en sciences).

Publication en libre accès et indicateurs d'impact des publications

Cette présentation de 45 minutes aborde notamment les sujets suivants: modèle traditionnel de publication scientifique, mouvement du libre accès, dépôts institutionnels numériques, indicateurs d'impact traditionnels (citations, facteur d'impact des revues, h-index) et altmetrics. La présentation n'est pas évaluée.

Activité intégrée au programme de biochimie et médecine moléculaire

La formation suivante est donnée par la Bibliothèque de chimie :

Formation aux bases de données Web of Science, Reaxys et SciFinder

En première année du baccalauréat en biochimie et médecine moléculaire, les étudiants sont initiés aux bases de données Web of Science, Reaxys et SciFinder. La formation vise à présenter les spécificités des outils en ce qui concerne la recherche d'information et les fonctionnalités d'affichage et d'exportation des résultats.

La formation est donnée dans le cadre des cours CHM1501 (Chimie expérimentale 1) et CHM1979 (Laboratoire de chimie pour biochimistes). Ces formations se déroulent durant les heures de cours. La bibliothècaire et la technicienne présentent tour à tour de façon magistrale le catalogue de la bibliothèque et les bases de données. L'accent est mis sur les fonctionnalités de recherche, d'affichage et d'exportation des résultats des différentes bases de données. Dans le cadre du cours CHM1979, les étudiants ont l'occasion de mettre en pratique les apprentissages par le biais d'exercices pratiques préparés et encadrés par la bibliothécaire et la technicienne. Durée : 1 h

Évaluation : Dans le cadre du cours CHM1979, les apprentissages qui sont faits lors de la formation servent à réaliser un travail pratique qui est préparé en collaboration par l'équipe de la bibliothèque et le professeur.

Autres formations offertes – inscriptions libres

Les étudiants des programmes de baccalauréat en biochimie et médecine moléculaire ou en bio-informatique peuvent également participer aux activités de formation offertes par les Bibliothèques des sciences de la santé.

Étudiants aux cycles supérieurs

Formation à la base de données MEDLINE (interface PubMed) et initiation à EndNote

Cette formation est obligatoire pour les étudiants du programme de maîtrise en biochimie ou en bio-informatique, dans le cadre du cours BCM60511 - Communication scientifique 1. Elle comprend deux parties. D'abord, elle vise à familiariser les étudiants à l’utilisation du vocabulaire contrôlé du MeSH et aux principales fonctionnalités de recherche de la base de données PubMed. La personnalisation de l'interface (création d'alertes, exportation de références) est également abordée.

Ensuite, une initiation au logiciel EndNote est présentée. Les étudiants apprennent à créer une base de données, à y ajouter des références, à chercher dans une base de données externe, à créer une bibliographie dans un style particulier ainsi qu'à intégrer des références dans un document Word. L’activité se déroule dans le laboratoire informatique de la Bibliothèque de la santé, en groupe de 35 personnes. Durée: 3h

Les étudiants inscrits aux programmes de maîtrise ou de doctorat en biochimie et en bio-informatique peuvent participer aux formations offertes à l'intention des étudiants des cycles supérieurs dans les Bibliothèques des sciences de la santé. Ces formations concernent notamment la base de données Web of Science (mesures d'impact des publications), le logiciel de gestion bibliographique EndNote, de même que la publication en accès libre et la gestion des données de recherche.

Les étudiants des cycles supérieurs peuvent prendre rendez-vous avec une bibliothécaire pour une initiation individuelle à la recherche d’information et la mise en place d'alertes documentaires.

Professeurs, chercheurs et chargés de cours

Les professeurs, chercheurs et chargés de cours du département de biochimie sont également invités à consulter l'offre d'activités de formation dans les Bibliothèques des sciences de la santé. Les formations offertes concernent notamment:

  • l'accès aux ressources de la bibliothèque et le catalogue Atrium;
  • la base de données Web of Science (mesures d'impact des publications);
  • le logiciel de gestion bibliographique EndNote;
  • l’initiation au concept de pratique factuelle et à ses ressources et outils de recherche;
  • la publication en libre accès et la gestion des données de recherche.

Il est possible de prendre rendez-vous avec une bibliothécaire pour une initiation individuelle à la recherche d’information et la mise en place d'alertes documentaires.

Personne-contact : Sylvie Desbiens 514 343-6111, poste 3583