Guide de la base de données PubMed

Quelle est la différence avec MEDLINE (OvidSP) ?

L'Université de Montréal a un abonnement à la base de données MEDLINE sur OvidSP, dont l'accès est réservé aux membres de la communauté universitaire. Cependant, il existe une version de MEDLINE offerte gratuitement sur Internet par le NCBI (National Center for Biotechnology Information) qu'on appelle PubMed. Le contenu des deux options est sensiblement le même. Pour plus d'info, consulter la capsule MEDLINE: comparaison des interfaces Ovid Medline et PubMed.

MEDLINE est une base de données bibliographiques dont la couverture débute en 1946 et qui contient plus de 22 millions de références. De nouvelles références sont ajoutées tous les jours.

Comment accéder à PubMed?

Les Bibliothèques des sciences de la santé ont mis en place un profil spécifique sur le site du NCBI: PubMed. Pour que le bouton s'affiche, de même qu'une sélection de filtres pour trier les résultats, ajoutez le lien suivant à vos marque-pages, plutôt que d'utiliser l'adresse générique proposée par les moteurs de recherche: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?otool=icaumtlib&myncbishare=umontreal&dr=citation. Notre profil contient bien sûr toutes les références de la base PubMed!

Comment faire une recherche par sujet ?

Le mode de recherche de la page d'accueil est d'une très grande simplicité. En effet, vous n'avez qu'à saisir les mots recherchés dans la boîte de requête et le tour est joué! Les résultats de la recherche sont parfois satisfaisants, mais il arrive qu'on obtienne un nombre très élevé de notices ou des notices non pertinentes. Ce guide tente de démontrer comment développer une bonne stratégie de recherche et comment exercer plus de contrôle sur cette stratégie.

Exemple d'une recherche simple, par sujet

Il s'agit d'inscrire simplement l'énoncé de recherche dans la boîte de requête de la page d'accueil. La recherche se fait dans les descripteurs MeSH mais aussi dans les mots du titre ou du résumé (Text Word).

• La recherche est la suivante : la vitamine D et le traitement du cancer de la prostate
• Taper : vitamin d and prostate cancer. (Notez qu'on vous suggère des termes récemment cherchés par les utilisateurs de PubMed. Il est possible de désactiver cette fonction en cliquant sur Turn off). Si on ne met aucun opérateur, le système combinera automatiquement les sujets avec AND. Cliquer sur Search.
• AUTOMATIC TERM MAPPING: Vérifier comment la recherche a été effectuée dans la boîte Details, en bas à droite de la page, ou encore en cliquant sur Advanced, sous la boîte de requête, puis sur Details. Si le système affiche la mention [MeSH Terms] dans la fenêtre Details, on constate que PubMed a effectué une correspondance entre les termes de recherche et les descripteurs MeSH. La recherche est donc assistée. Dans ce cas, PubMed inclut automatiquement les termes spécifiques (ergocalciferols) liés au terme MeSH générique (vitamin D) (Explode automatique).

Si la correspondance avec les MeSH n'est pas satisfaisante, le MeSH Database (section suivante) pourra nous aider à formuler notre stratégie de recherche.

PARTICULARITÉS DE LA RECHERCHE SIMPLE :

• Permet de repérer les références qui ne sont pas encore indexées [PubMed - in process] et [PubMed - as supplied by publisher] puisque la recherche se fait avec les MeSH, s'il y a lieu, mais aussi avec les mots du titre et du résumé (Text Word).
• TRONCATURE (*) : On peut l'utiliser à la fin d'une chaîne de caractères, par exemple implant* pour repérer implant, implants, implantation, etc. Cependant si la troncature inclut plus de 600 termes, PubMed affiche un message d'erreur. De plus, l'utilisation de la troncature ne permet pas l'inclusion des termes spécifiques liés à un terme MeSH générique (Automatic Term Mapping).
• POUR CHERCHER UNE EXPRESSION PRÉCISE, il faut utiliser les guillemets. Par exemple, la recherche de l'expression "mongolian spots" dans tous les champs ne repère que cette expression ("mongolian spots"[All Fields]). Par contre, si on omet les guillemets, la recherche de cette même expression est interprétée de cette façon : mongolian[All Fields] AND spots[All Fields], ce qui donne plus de résultats, mais qui sont moins pertinents. Attention, l'utilisation des guillements ne permet pas la correspondance à un terme MeSH puisque plusieurs options sont possibles (Automatic Term Mapping).

Utilisation du MeSH Database

Pour un rappel des caractéristiques des MeSH, voir la capsule MEDLINE et les MeSH.
Voir aussi: vidéo (en anglais).

• La recherche est la suivante : la résistance aux antibiotiques dans les cas d'otites.
• Cliquer sur More Resources>MeSH Database dans la liste de liens utiles de droite sur la page d'accueil de PubMed. Ou encore, sélectionner MeSH dans le menu déroulant de la boîte Search.
• Entrer un sujet à la fois (en anglais) dans la fenêtre d'interrogation. Par exemple, Inscrire antibiotic resistance et cliquer sur Go. Une liste de suggestions de termes s'affiche, qui peuvent être des termes MeSH (descripteurs, qualificatifs, types de publication) ou des synonymes (Entry Terms). Choisir le terme le plus approprié dans la liste de suggestions.

• Cliquer sur le MeSH le plus pertinent (Drug Resistance, Microbial). On obtient un affichage plus détaillé (Display: Full), c'est-à-dire outre une définition, l'arborescence pour ce MeSH (termes génériques et termes spécifiques) et les options suivantes :
  • On peut limiter la recherche à certains aspects du sujet en sélectionnant un ou plusieurs qualificatifs (Subheadings).
  • Restrict to MeSH Major Topic [MAJR] permet de limiter les résultats aux articles qui traitent du sujet de façon centrale (l'équivalent du Restrict to Focus).
  • L'explosion (Explode) est automatique, c'est-à-dire que tous les termes spécifiques qui sont associés au MeSH cherché sont automatiquement inclus dans la recherche (voir ARBORESCENCE). On peut cocher l'option Do not include MeSH terms found below this term in the MeSH hierarchy si on veut exclure la recherche des termes spécifiques.

• Afin de bâtir notre requête, ajouter le terme au PubMed search builder, à la droite de l'écran, en cliquant sur le bouton Add to search builder. Le terme s'inscrit dans la boîte de recherche: "Drug Resistance, Microbial"[Mesh].
• Inscrire dans la boîte de recherche Search MeSH le deuxième sujet de notre question: otitis.
• Ce terme est un MeSH. Cliquer sur le MeSH Otitis pour obtenir l'affichage détaillé, et sélectionner les options appropriées (1); par exemple, cocher Restrict to Major Topic et le qualificatif drug therapy.
• Cliquer le bouton Add term to search builder (2) pour combiner avec le premier sujet (Drug Resistance, Microbial). Vous pouvez choisir les opérateurs AND, OR ou NOT pour combiner les termes. L'énoncé de recherche qui s'affiche dans la boîte de requête sera : ("Drug Resistance, Microbial "[Mesh] AND "Otitis/drug therapy"[Majr]). Cliquer ensuite sur Search PubMed (3) pour lancer la recherche. Cette action nous fait sortir de MeSH Database pour retourner dans PubMed, où les résultats de la requête s'afficheront.

PARTICULARITÉS DE LA RECHERCHE AVEC LE MESH DATABASE:

• Ce type de recherche ne repère que les références MEDLINE, c'est-à dire celles qui sont indexées avec les MeSH [PubMed - indexed for MEDLINE].
• Permet d'élaborer la question de recherche avec des MeSH et de prendre connaissance du contexte d'utilisation d'un MeSH, des termes qui lui sont liés (termes spécifiques, termes génériques) et de préciser davantage la recherche.

Se servir des MeSH dans la recherche simple

• Faire la recherche dans PubMed et afficher une référence pertinente à votre sujet en format Abstract (voir section 10. Affichage), puis cliquer sur le menu Publication types, MeSH Terms, Substances, Grant Support.
• Clic gauche sur le MeSH désiré (ex. Otitis Media/drug therapy*) et attendre que la fenêtre de liens s'ouvre.



• Choisir« Add to Search ».
• Le sujet s'inscrit dans la boîte de recherche.



• Refaire l'opération avec le deuxième sujet (Ex. Drug Resistance, Bacterial). L'opérateur AND s'inscrira automatiquement. Cliquer ensuite sur Search.

Utiliser le PubMed Advanced Search Builder

Voir une vidéo (en anglais) pour une démonstration. Ce mode de recherche recherche avancée permet d'utiliser les MeSH sans passer par le MeSH Database; il suppose donc que vous connaissez la portée des termes sélectionnés, puisque vous n'aurez pas accès à leur défiinition, ni à l'arborescence de la classification MeSH. C'est une option intéressante si vous travaillez en parallèle avec la traduction CiSMeF!

Les liens Show Index List permettent de visualiser une liste alphabétique des termes disponibles dans le champ sélectionné. Sélectionner un ou plusieurs termes de cette liste (appuyer sur la touche Ctrl pour sélectionner plus d'un terme).

Choisir un opérateur (AND, OR, NOT) pour combiner des énoncés.

• Exemple d'une recherche dans plusieurs champs :
  • On veut retrouver des articles sur le clonage de moutons publiés dans la revue Nature.
  • Dans le mode Advanced, aller à la section Builder.
  • Choisir le champ MeSH Terms puis taper cloning. Cliquer sur Index pour pouvoir sélectionner le ou les MeSH pertinents (cloning, organism). La sélection s'ajoute automatiquement à la boîte de recherche avancée.
  
  • Dans la boîte suivante, chercher également sheep dans les MeSH, de la même façon.
  • Choisir ensuite le champ Journal, et taper Nature.
  • La stratégie de recherche qui s'affiche dans la boîte de requête est la suivante : "cloning, organism"[MeSH Terms] AND sheep[MeSH Terms] AND "Nature"[Journal].
  • Cliquer sur Search pour obtenir les résultats dans PubMed. Pour obtenir un aperçu du nombre de résultats sans quitter la page, cliquer plutôt sur Add to history:
  

Retrouver un article à l'aide des éléments de la référence bibliographique

Il existe différentes façons de retrouver un article particulier dans PubMed. Nous vous présentons ici deux manières d'y parvenir à l'aide des éléments connus de la référence bibliographique :

Single Citation Matcher

Cet outil disponible sur la page d'accueil de PubMed permet de rechercher la référence bibliographique d'un article bien précis ou de la table des matières d'un numéro particulier d'un périodique.

Vous n'avez qu'à remplir les champs du formulaire de recherche afin de retrouver l'article qui vous intéresse. Les champs sont tous facultatifs. Ainsi, en inscrivant seulement le nom de l'auteur et le titre du journal, vous obtiendrez tous les articles indexés dans PubMed qui ont été publiés par cet auteur, dans ce journal. En ajoutant certains mots du titre vous augmentez vos chances d'atteindre directement l'article qui vous intéresse.

Citation Sensor

Cette fonctionnalité du moteur de recherche de PubMed permet l'association d'une requête avec une référence bibliographique précise; certains termes de recherche propres aux références bibliographiques (volume/numéro, auteur, titre de périodiques, date de publication) sont reconnus.

Lorsque Citation Sensor détecte la présence d'éléments de référence bibliographique dans votre recherche, PubMed vous suggère un ou plusieurs articles dans un rectangle jaune au-dessus des résultats de recherche. Vous connaissez le titre de l'article recherché? Simplement le copier-coller dans la boîte de recherche et Citation Sensor pourra le repérer.

Par exemple, si vous cherchez un article publié par AV Groom dans le journal Pediatrics, inscrivez le nom de l'auteur suivi du titre du journal dans la boîte de recherche. Citation Sensor repère alors les références bibliographiques, qu'il vous soumet dans le rectangle jaune au tout début des résultats de recherche. On remarquera que d'autres résultats ont été repérés. Ils s'agit d'articles d'un auteur ayant un prénom différent ou pour lesquels le terme de recherche Pediatrics correspond à un sujet et non au titre de journal.

Limiter la recherche

• On peut raffiner la recherche en utilisant les filtres standards qui apparaissent dans la colonne de gauche de la page des résultats de recherche (voir une vidéo).
• On peut sélectionner plus d'un filtre à l'intérieur de chaque catégorie (types de publication, âges, langues, etc).
• ATTENTION : les filtres s'appliqueront pour les recherches ultérieures. Il faut les désactiver en cochant le filtre désiré à nouveau, ou en sélectionnant Clear all pour repartir à zéro.

Limites de dates

Pour limiter la recherche à une période précise, aller dans la section Publication dates des filtres, sous Custom range... Inscrire les dates désirées, puis cliquer sur Apply. Par exemple, pour des articles publiés entre 2006 et 2012 :

Filtres UdeM

Après avoir fait une recherche, vous voyez apparaître un encadré à droite de la page, sous Filter your results. Il présente les filtres UdeM de langue, de dates, de type de publication; aussi, pour la recherche d'informations cliniques: filtres de pratique factuelle (EBM), incluant les résultats dans Clinical Evidence. Ces filtres ont été configurés par Monique Clar. Il vous est possible de personnaliser ces filtres (jusqu'à 15) en ouvrant une session dans MyNCBI (voir la vidéo ci-contre).

Obtenir les articles (Assistant SFX)

Le bouton qui s'affiche lorsque la notice est en format « Abstract » donne accès à la version électronique si disponible. Il offre en plus d'autres options, telles qu'un lien au catalogue des bibliothèques Atrium, visant toutes à vous procurer l'article complet.

• Si le périodique n'est pas dans Atrium, vous avez accès à un formulaire de demande de fourniture de documents dans lequel les informations bibliographiques repérées sont automatiquement transférées.

• Pour obtenir plus d'information sur les fonctionnalités de l'Assistant SFX, voir le guide Assistant SFX : repérez vos documents électroniques.

Combinaison des résultats avec la fonction History

• Tous les énoncés de recherche sont affichés dans la section History dans le mode Advanced.
• Ré-exécuter une recherche en cliquant sur le nombre sous la colonne « Items found ».
• Ou combiner les énoncés: 1) en cliquant sur Add pour ajouter un énoncé au Search builder, ou 2) en cliquant sur le numéro désiré pour afficher une sélection d'opérateurs: AND, OR, NOT, etc. On peut supprimer des recherches ou les sauvegarder dans My NCBI pour se créer des alertes.
• La fonction History est automatiquement perdue au bout de 8 heures d'inactivité.

Recherche d'informations cliniques

Les Clinical Queries (dans les PubMed Tools de la page d'accueil) est un outil utilisant des filtres pour aider à repérer des publications pertinentes de haute qualité et ainsi préciser sa recherche. Les 3 filtres sont les Clinical Study Category qui utilisent une méthode de recherche par filtres établie par RB Haynes et ses collaborateurs (détails ici), les Systematic Reviews (revues systématiques) et les Medical Genetic Searches.

• Les études cliniques (Clinical Study Category) sont regroupées dans les catégories étiologie, diagnostic, thérapie et pronostic. On peut spécifier le niveau de précision des documents repérés (spécifique ou sensitif);
• les revues systématiques (Systematic Reviews) permettent de repérer des articles de revues systématiques, de méta-analyses, de revues d'essais cliniques, de médecine fondée sur des données probantes (evidence-based medicine), de consensus et guides de pratique clinique.
• Enfin, les filtres Medical Genetics Searches ont été développés en coopération avec l'équipe du GeneReviews: Genetic Disease Online Reviews at GeneTests, University of Washington, Seattle.

Affichage, sélection, impression, sauvegarde et exportation vers EndNote des résultats

Affichage

• Les résultats s'affichent automatiquement dans le format Summary mais d'autres formats sont disponibles (Abstract, MEDLINE). Sélectionner le format désiré en cliquant sur le menu déroulant du menu Display Settings pour voir l'ensemble des résultats dans le format choisi, ou sélectionner d'abord les références que vous désirez afficher dans un format choisi en les cochant.
• En vous branchant sur votre compte MyNCBI, vous pouvez préciser vos préférences d'affichage et les sauvegarder.

Sélection

• Le Clipboard permet de stocker temporairement les résultats sélectionnés dans plus d'une recherche. Sélectionner les références d'une recherche et choisir Clipboard dans le menu déroulant de Send to. Pour stocker toutes les références d'une recherche, effectuer la même démarche sans faire de sélection. Cliquer sur Clipboard sous la boîte de requête pour en visualiser le contenu. Le contenu du « clipboard » est perdu après 8 heures d'inactivité et il peut contenir un maximum de 500 références. Pour une sauvegarde permanente, voir la section Sauvegarde des résultats de recherche.

Impression

• Pour imprimer, on peut utiliser la commande d'impression du navigateur Web si une ou peu de références sont affichées à l'écran. Pour de plus grands ensembles, choisir d'abord le format d'affichage désiré, puis dans Send to, choisir l'option File. Ouvrir ensuite le fichier texte produit.

Sauvegarde temporaire

• Pour sauvegarder les références d'un ensemble de recherche, une sélection de références, ou le contenu du Clipboard dans un fichier, choisir File dans le menu déroulant de Send to. Le maximum de références qui peuvent être sauvegardées est de 5000. Le nom par défaut du fichier est pubmed-result.txt.
• Il est possible d'envoyer les résultats d'une recherche par courriel en utilisant l'option Send to... E-mail. Sélectionner les options désirées et inscrire l'adresse électronique. Cliquer sur E-mail.
• L'option Send to... Order s'adresse aux personnes qui veulent commander l'article et qui se sont préalablement inscrites à une institution qui offre ce service. Au Canada, il s'agit d'Infotrieve, partenaire de l'ICIST. Vous aurez peut-être à utiliser ce service lorsque vous aurez quitté l'Université et ne serez plus rattaché à aucune institution. Mais tant que vous êtes à l'Université, vous pourrez profiter du service de PEB (prêt entre bibliothèques) et du prêt aux hôpitaux pour les articles de périodiques que la bibliothèque ne possède pas.

Sauvegarde permanente

• Sauvegarde des résultats de recherche à l'aide du Clipboard et de l'option My NCBI :
  • Faire la recherche, sélectionner les résultats et les envoyer dans le Clipboard (Send to... Clipboard).
  • Cliquer le nombre d'items du Clipboard qui apparaît en haut à droite de la fenêtre.
  • Cliquer sur Send to et choisir Collections. Si vous n'êtes pas inscrit à My NCBI, une fenêtre s'ouvre pour vous demander de vous inscrire, voir la section 11. Sauvegarde de la stratégie de recherche à l'aide de l'option My NCBI.
  • Donner un nom à la collection (par défaut le nom est le nombre de résultats sauvegardés) et cliquer sur Save.

  

• On peut également sauvegarder des résultats directement dans My NCBI Collections sans passer par le Clipboard. Cocher les références de votre choix et choisir Collections dans le menu Send to.
• Ou encore, ajoutez une référence directement à un dossier nommé Favorites ou à l'un des dossiers de vos Collections grâce au bouton qui s'affiche dans la colonne de droite.

• Vidéos sur la sauvegarde des résultats et la création d'alertes (en anglais)

Exportation des références dans EndNote

• Après avoir sélectionné des références, ou à partir du Clipboard, utilisez le menu Send to... Citation manager. Un fichier nommé citations.nbib sera créé, que vous ouvrirez ensuite avec EndNote. Une fois dans ce logiciel, il vous faudra spécifier le filtre d'importation PubMed (NLM). Pour en savoir plus, consultez la section Procédure d'ajout de références du site des Bibliothèques sur les logiciels de gestion bibliographique. Attention, le champ URL restera vide.

Sauvegarde de la stratégie de recherche à l'aide de l'option My NCBI

• Faire la recherche et cliquer sur Search.
• Cliquer sur Save Search sous la boîte de recherche.
• La fenêtre My NCBI s'ouvre. S'inscrire en remplissant le formulaire (register for an account)



• Donner un nom à la stratégie de recherche et cliquer sur Save.
• Pour obtenir les nouvelles références sur le sujet par courriel, choisir Yes à la question Would you like to receive e-mail updates of new search results? Déterminer la fréquence d'envoi à laquelle vous désirez recevoir les résultats.
• Pour accéder aux recherches sauvegardées, cliquer sur My NCBI en haut à droite :
• Plus d'info sur la personnalisation de My NCBI: voir une vidéo (en anglais)

Abonnement au fil RSS de la stratégie de recherche

• Cette option vous permet d'être averti automatiquement lors de la parution de nouveaux articles répondant aux critères de la stratégie de recherche, via l'agrégateur de nouvelles de votre choix (qu'est-ce que c'est?). Cliquez sur le lien RSS, sélectionnez le nombre de résultats à afficher et le nom de votre fil, puis cliquez sur Create RSS.

Bibliographie rapide et facile

Générez rapidement une bibliographie grâce au document suivant: Bibliographie en trois étapes via PubMed ou via OvidSP

Particularités de PubMed

• Related citations in PubMed:
  Lien vers des références d'articles dont le sujet se rapproche de l'article sélectionné et ce, sans avoir à lancer une nouvelle recherche. Les références sont affichées par ordre de pertinence. Lien visible à partir de tous les formats d'affichage. ATTENTION : les filtres (clinical queries) et les limites ne sont pas appliqués sur les références ainsi repérées.
• Related information:
  Liens qui s'affichent avec la notice de PubMed pour signaler des notices pertinentes dans les bases de données du NCBI, diverses ressources en ligne (Link Out) ou des sujets traités dans la collection de livres électroniques (Books) du NCBI.
• Journals referenced in the NCBI databases:
  Très utile pour connaître le nom complet d'un périodique à partir de son abréviation.
• Outils de recherche de la littérature:
  Plusieurs outils ont été développés afin d'interroger les données de PubMed, par exemple pour classer les résultats par pertinence ou encore pour identifier des publications similaires. Pour optimiser la recherche par nom de gène, voir le guide Bio-informatique pratique.

PubMed sur votre cellulaire

Utilisez le lien PubMed Mobile (attention: fonctions limitées, et vous n'aurez pas accès au profil UdeM). Vous pouvez également vous procurer des applications telles que PubMed on Tap ($) pour iPhone ou PubMed Mobile pour Android. Essayez aussi Unbound Medline, qui permet de cibler des résultats en pratique factuelle. (Note: Vérifiez si le support Proxy est disponible sur l'application pour ensuite pouvoir accéder aux articles).

Qu'est-ce que PubMed Central?

PubMed Central (PMC) est un dépôt numérique en libre accès des articles en sciences biomédicales issus de la recherche subventionnée par les National Institutes of Health aux États-Unis (NIH). Certains éditeurs participent aussi volontairement à PMC en y déposant une partie ou l'ensemble des archives de leurs publications scientifiques.

L'équivalent canadien de PMC est PubMed Central Canada, accessible depuis octobre 2009. PMC Canada a pour mission d'archiver les publications qui ont reçu le support des Instituts de Recherche en Santé du Canada (voir la Politique sur l'accès aux résultats de la recherche des IRSC). Vous êtes subventionné par un IRSC? vous pouvez soumettre un manuscrit en ligne.

Autres guides et tutoriels

PubMed possède une excellente aide en ligne, en anglais (Quick Start, Help, FAQs, Tutorials).

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Référence Santé
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Dernière mise à jour: 15 février 2013